Staden ligger vackert vid en djup vik och omges av gröna kullar. Staden är annars känd för den andra atombomben som föll den 9 augusti 1945 och på vars plats ett museum har uppförts. Trots försök att hindra kristendomen att sprida sig från den Holländska handelsstationen i staden under den slutna perioden har idag Nagasaki en stor del av landets kristna. Här finns även kineiska inflytande i tempel och brittiskt i flera av de villor som ligger på sluttningarna, bland annat Glover Garden. En modell av den gamla handelsstationen kan ses nere i hamnen. Det var här som den svenske botanikern Thunberg levde under sin vistelse i landet.
