Japans natur präglas av den vulkaniska geologin och bergiga topografin. Havet är aldrig långt borta i ett land med 1000-tals öar och klimatet är varierat från de nordliga delarna av Hokkaido till tropiska öarna 3ooo kilometer längre söderut. Den ursprungliga vegetationen kan delas in i fyra zoner med barrskog längst i norr som sedan övergår i vinterkal lövskog i bergen och på låglandet ner till centrala huvudön. Söder därom vidtar vintergröna skogar som domineras av olika ekar. Längst i söder finns tropisk skog med mangroveskog längskuster och i flodmynningar. Tack vare att Japan varit öar under lång tid har evolutionen utvecklat nya arter. Japan har en stor andel endemer, minst bland fåglarna med betydligt mer bland växter och insekter. Några kända endemiska arter är bland annat den japanska makaken som är den apart som lever längst norrut på jorden. Den japanska jättesalamandern har en nära släkting i kina och kan bli över 1,5 meter lång. Två fåglar som är symboler för japan men som även finns sällsynt på det asiatiska fastlandet är den japanska tranan (grus japonica) och den japanska ibisen (Nipponica nippon). Båda har varit på randen av utrotning men har med människans hjälp återhämtat sig och för tranan ser framtiden mycket ljus ut. Bland de större djuren finns även svartbjörn och brunbjörn samt shikahjort och serow (Capricornis crispus) som är ett endemiskt hjortdjur för Japan. På de södra öarna finns fler endemiska arter som Amamikaninen och Iriomotokatten.