I norra delen av Uenoparken ligger naturhistoriska muséet med stora utställningar med geologi, djur och växter samt annat kopplat till naturvetenskapliga ämnen. Här finns kafé och restaurang samt stor museéshop. Tillfälliga utställningar med intressanta ämnen brukar visas här. Vid mitt besök var här en utställning om jordbävning med hus som man kunde gå in och och som sedan skakade som vid en jordbävning. Närmaste station är Uenostationen ca 10 minuters promenad bort. Stängt på måndagar och öppet övriga dagar 9-17. Inträde kostar 600 yen.